يعتمد تحديد العلاج المناسبلحصى الكلىعلى حجم الحصى وبعض العوامل الأخرى مثل صحة الشخص المصاب، ولا تحتاج معظم حصى الكلى الصغيرة للعلاج وتخرج مع البول من تلقاء نفسها من خلال تناول كميّات كافية من الماء والسوائل، ويمكن اللجوء إلى استخدام مسكنات الألم للتخفيف من الألم المصاحب للحصوات إلى حين خروجها مثل دواء الباراسيتامول (بالإنجليزية: Paracetamol)، ودواء الآيبوبروفين (بالإنجليزية: Ibuprofen)، كما قد يقوم الطبيب بوصف بعض الأدوية الأخرى التي تعمل على تسهيل خروج الحصى مثل حاصرة قنوات الكالسيوم (بالإنجليزية: Calcium channel blockers)، وحاصرات مستقبلات ألفا (بالإنجليزية: Alpha blockers)، حيث تعمل على استرخاء عضلات الحالب.
تستخدم هذه الطريقة للتخلّص من حصى الكلى التي يقلّ طولها عن 2 سم، ويقوم مبدأ عملها على تفتيت هذه الحصوات من خلال توجيهالموجات فوق الصوتيةإلى الحصى ممّا يؤدي إلى تفتيتها إلى أجزاء صغيرة، ويساهم في التخلّص منها مع البول، وتتراوح مدّة هذه العملية بين 45-60 دقيقة، وقد تسبّب الألم، لذلك من الممكن أن يلجأ الطبيب إلى تخدير الشخص المصاب أو إعطائه منوماً لتسهيل سير العملية.
من الممكن لبعض حصوات الكلى أو أجزاء منها أن تنتقل من الكلية إلى الحالب وتنحصر فيه، وهو عبارة عن أنبوب رفيع يربط بين الكليةوالمثانة البولية، ويمكن في هذه الحالة إجراء عملية تنظير الحالب، حيث يتمّ تمرير منظار طويل ورفيع خلال الحالب، ثمّ يقوم الطبيب بمحاولة تفتيت هذه الحصوات العالقة، ويمكن للطبيب أن يلجأ إلى استخدام تقنية الليزر لتفتيت الحصى أيضاً، ممّا يمكنها من الخروج بشكل طبيعي مع البول.
في حال المعاناة من حصى الكلى الكبيرة قد يلجأ الطبيب إلى استخراج حصوات الكلى عن طريق الجلد (بالإنجليزية: Percutaneous nephrolithotomy)، ويتمّ خلال العملية عمل شق في الظهر ليتمكن من خلاله الطبيب من الوصول إلى الكلية للتخلّص منالحصىعن طريق استخدام المنظار، أو الليز، ويتمّ تخدير الشخص المصاب خلال هذه العمليّة.