يمكن أن يقوم الطبيب بالفحص البدني والفحوصات المعددة الأخرى وهذا بناءً على احتياجات المريض.
يقوم الطبيب بالفحص الجسدي لمحاولة تحديد مكان الناسور المستقيمي المهبلي والتحقق من وجود كتلة ورم محتملة أو عدوى أو خراج. ويتضمن الفحص الذي يقوم به الطبيب فحص المهبل والشرج والمنطقة بينهما (العجان) بيده بعد ارتداء القفاز.
ما لم يكن الناسور منخفضًا للغاية في المهبل وظاهرًا بالفعل، يمكن أن يستخدم الطبيب المنظار لرؤية المنطقة داخل المهبل. ويمكن أن يقوم بإدخال أداة مثل المنظار والمعروفة باسم المنظار السيني، في الشرج والمستقيم لفحص المشكلات.
ويمكن أن يحصل الطبيب على عينة من النسيج لفحصها في المعمل (خزعة) في أثناء العملية.
يمكن أن يكتشف الطبيب الناسور في أثناء الفحص الجسدي. ويمكن الاحتياج إلى الفحوصات الأخرى لتحديد موقع وتقييم الناسور المستقيمي المهبلي. كما يمكن أن تساعد هذه الفحوصات أيضًا الفريق الطبي وضع الخطة الجراحية.