استمرت قبائل المنطقة في الإسهام في الفتوح الإسلامية ودعمها وخاصة في المشرق الإسلامي وكان معظم الجيش الذي هاجم بلاد السند من قبيلتي عبد القيس وتميم إضافة إلى قبائل عُمان  .  وتولى بعض زعماء عبد القيس مراكز قيادية في بلاد السند، ومن بينهم المنذر بن الجارود العبدي الذي أصبح واليًا على بلاد السند سنة 61هـ / 680م  

 

 

يربط المؤرخون نشأة حركة الخوارج بحادثة التحكيم في حرب صفين بين علي ومعاوية رضي الله عنهما، فالخوارج في أصل نشأتهم هم الذين خرجوا على الخليفة علي بن أبي طالب رضي الله عنه عند قبوله التحكيم في صفين، فهم لا يقرُّون بالتحكيم القائم على المناقشات النظرية واتخذوا شعارهم: لا حكم إلا لله"  .  وقد حاول علي رضي الله عنه إقناعهم بصحة عمله، وعندما لم يفلح في ذلك قاتلهم في النهروان، وقد قام أحد رجالهم وهو عبد الرحمن بن ملجم باغتياله  

 

شهدت بلاد البحرين في العهد الأموي ظهور حركة خارجية بقيادة نجدة بن عامر الحنفي الذي كان قد خرج في وقت سابق على عبد الله بن الزبير رضي الله عنهما سنة 65هـ / 684م، وكان نجدة يعمل في بداية أمره تحت قيادة الزعيم الخارجي نافع بن الأزرق الذي تنسب إليه حركة الأزارقة  ،  وقد ظهر في البصرة سنة 64هـ / 683م ثم انفصل عنه لأسباب مذهبية واجتهادية غير معروفة  .  اتجه نجدة إلى اليمامة سنة 66هـ / 685م   ثم سار منها سنة 67هـ / 686م إلى بلاد البحرين، والتفت حوله قبائل من الأزد غير أنه واجه معارضة شديدة من بعض القبائل كعبد القيس الذين قالوا: "لا ندع نجدة وهو حروري مارق تجري أحكامه علينا"، وتطور الأمر بحدوث مواجهة بين الطرفين في معركة حدثت في القطيف هزمت فيها قبيلة عبد القيس ودخل نجدة القطيف، وطارد مطرح بن نجدة فلول عبد القيس المنهزمة غير أنهم تمكنوا من قتله مع عدد من أصحابه  .  وقامت لنجدة بن عامر في كل من اليمامة وبلاد البحرين سلطة سياسية استمرت حتى سنة 72هـ / 691م حينما اختلف مع أصحابه، وانتهى الأمر بقتله على يد زعيم خارجي آخر للحركة هو أبو فديك عبد الله بن ثور  .  سار أبو فديك سنة 72هـ / 691م من اليمامة إلى البحرين وجعل مقره في جواثا  . 

 

حاول ابن الزبير وضع حدٍّ لنشاط الخوارج في البحرين، فأرسل جيشًا من البصرة لمحاربة أبي فديك لكنه هزمه  

انضمت قبيلة عبد القيس إلى حركة الخوارج، وأسهمت إسهامًا فعَّالاً في الحركات المتأخرة، وقد حملت ثورات الخوارج المتكررة من عبد القيس في البحرين الحجاج على أخذ جماعة من زعمائهم، ومعاقبتهم إما بقطع أعضائهم وإما بسجنهم  

 

ثار أحد رجال عبد القيس من بني محارب سنة 78هـ / 697م في عهد الخليفة الأموي عبد الملك بن مروان، وجعل مركز ثورته في بلاد البحرين، فاستنجد واليها محمد بن صعصعة الكلابي بالحجاج بن يوسف الثقفي، لكن انشغال الحجاج بحركة قطري بن الفجاءة   حملت الخليفة الأموي على أن يبعث لوالي اليمامة إبراهيم بن العربي أن يسير إليها بجيش، فاتجه إلى البحرين، وانتصر على الخوارج، وحدثت ثورة أخرى سنة 79هـ / 698م قادها الريّان النكري من عبد القيس، وجاء إلى بلاد البحرين من عُمان خارجيٌّ آخر يدعى ميمون الحروري ونـزل دارين واختلف الاثنان؛ ما مكن الحجاج بن يوسف من القضاء على الثورة  .  وفي سنة 86هـ / 704م خرج في بلاد البحرين زعيم خارجي من بني عبد القيس يدعى مسعود بن أبي زينب العبدي في ولاية الأشعث بن عبد الله بن الجارود العبدي على البحرين، وقد نجح مسعود في الاستيلاء على بلاد البحرين، كما تمكن من الاستيلاء على اليمامة وبسط سيطرته عليها مدة تقارب العشرين عامًا إلى أن قتل في برقان   على يد والي اليمامة سفيان بن عمرو العقيلي 

بعد مقتل مسعود ثار في هجر وبلاد البحرين أخوه سعيد، وظهرت له معارضة من جانب عون بن بشير الحنفي فسيطر عون على القطيف غير أن سعيدًا تمكن من التخلص منه