اضطرت الظروف الإمام علي بن أبي طالب رضي الله عنه إلى الخروج من المدينة المنورة سنة 36هـ / 656م لمواجـهة الأحداث التي استجدت عقب توجه بعض الصحابة إلى البصرة للمطالبة بدم الخليفة عثمان بن عفان رضي الله عنه، والقصاص من قاتليه، وقد خرج معه عدد كبير من الصحابة وبخاصة من الأنصار، ورجال الدولة، والقادة، وأهل الحل والعقد، وقد أناب عنه في المدينة المنورة نوابًا أو ولاة بقية خلافته  .  وبذلك تحولت المدينة المنورة إلى ولاية أو مدينة من مدن أقاليم العالم الإسلامي، وبعد استشهاد علي على يد أحد الخوارج سنة 40هـ / 660م، بايع أهل الكــوفة ابنـه الحسن رضي الله عنه بالخلافة، ولكنه ولأسباب كثيرة لعل من أهمها رغبته رضي الله عنه في توحيد كلمة المسلمين تنازل عن الخلافة لمعاوية بن أبي سفيان رضي الله عنهما في عام 41هـ / 661م الذي عرف عند المؤرخين بعام الجماعة لاجتماع كلمة المسلمين على خليفة واحد، وتوقف النـزاعات والحروب التي كانت قائمة بينهم.

 

اتخذ معاوية بن أبي سفيان رضي الله عنهما دمشق عاصمة للدولة الإسلامية لوجود أنصاره من أهل الشام الذين أخلصوا له الطاعة منذ ولايته على هذا الإقليم التي بدأت سنـة 18هـ / 639م، واسـتـمرت إلى أن أصبح خليفة بمساعدتهم، فهم قوة الدولة الأموية وعصبتها التي قامت عليها، وهم متفقو الكلمة، وكلهم على رأي واحد  .  وبذلك تراجعت المدينة المنورة في بعض شؤونها عما كانت عليه في عهد الخلفاء الراشدين من الناحية السياسية بوصفها عاصمة الدولة الإسلامية، ومقرًا للحكم، ومكان اجتماع رجال الدولة وأهل الحل والعقد في الأمة، أما من الناحية الاقتصادية فإن المدينة المنورة فقدت كثيرًا من الأموال التي كانت تتدفق عليها من الفتوح، وتناقصت التجارة التي كانت ترد إليها، وتوجهت إلى البلاد المفتوحة في الشام والعراق ومصر بعد توحيدها جميعًا في ظل الدولة الإسلامية، وتم إحياء الطرق التجارية القديمة بين هذه الأقاليم، والعالم الخارجي  .  كما فقدت المدينة المنورة مركز الثقل السياسي والاقتصادي اللذينِ كانت تتمتع بهما في عهد النبوة والخلافة الراشدة، ولكن ذلك لم يؤثر على مكانتها الدينية والروحية عند المسلمين.

 

أما سكانها من المهاجرين والأنصار، على الرغم مما أصابهم نتيجة خروج عاصمة الدولة من مدينتهم، فقد ظلت نفوسهم تتوق إلى إعادة المجد السابق إلى مدينتهم، باستقطاب مقر الخلافة إليها، أو إحياء الخلافة فيها إن استطاعوا، فليس بالسهولة استسلام أبناء المدينة المنورة للواقع الجديد وفي مدينتهم ذلك العدد من الصحابة، وأبناؤهم من المهاجرين والأنصار، وقد كان لذلك أثره على الأحداث التي شهدتها المدينة المنورة في عهد الدولة الأموية.

 

قامت الدولة الأموية على يد معاوية بن أبي سفيان رضي الله عنهما بعد تنازل الحسن بن علي رضي الله عنهما له بالخلافة عام 41هـ / 661م، ويقسِّم المؤرخون الدولة الأموية إلى عهدين هما:

 

 عهد الأسرة السفيانية ويمتد من سنة 41- 64هـ / 661 - 684م وحكم فيه ثلاثة خلفاء من هذه الأسرة هم: معاوية بن أبي سفيان (المـؤســس رضي الله عنهما)   41 - 60هـ / 661 - 680م، ويزيد بن مــعاويــة 60 - 64هـ / 680 - 684م، ومعاوية الثاني بن يزيد ولم يحكم سوى ثلاثة أشــهر من العـام 64هـ / 684م، ثم تنازل عن الخلافة لتنتقل إلى فرع جديد أو أسرة جديدة هي:

 

 عهد الأسرة المروانية في الفترة من 65 - 132هـ / 685 - 750م وقد حكم فيه أحد عشر خليفة أولهم مروان بن الحكم، وآخرهم مروان (الثاني) بن محمد الذي انتهى بمقتله، على يد الجنود العباسيين، حكم الدولة الأموية.