وعقب هذه الفترة الحضارية هناك العصر الحجري الحديث الذي ينتشر عدد من مواقعه في منطقة جازان خاصة، وبقية مناطق المملكة عامة. وكما هي الحال في معظم مناطق المملكة، فإن الخصائص الكلاسيكية للعصر الحجري الحديث في العالم القديم والمتمثلة بصناعاته الحجرية والفخارية، واستئناس الحيوان والزراعة والتنظيمات الاجتماعية وبناء القرى الصغيرة ليست ممثلة بشكل واضح في منطقة جازان 

 

وخلال المسوحات الميدانية لوكالة الآثار والمتاحف في المنطقة الجنوبية الغربية من المملكة تم تسجيل عدد من مواقع الأدوات الحجرية التي يرجح ارتباطها بفترة العصر الحجري الحديث، وذلك بناءً على وجود المدببات الحجرية، ورؤوس السهام، والمكاشط والشظايا والأنصال. وقد تميزت هذه الصناعات بدقتها وجودة صناعتها، والاعتماد بشكل رئيس على أسلوب الضغط أسلوبًا تقنيًا مناسبًا للتحكم بحجم الشظايا المنتزعة من النواة الحجرية وشكلها أيضًا.

 

كما لوحظت محدودية مواقع هذا العصر على السواحل المرجانية لساحل البحر الأحمر ما عدا بعض مواقع الأكوام الصدفية، ومن أبرزها موقع سهي 17 - 107 الذي يُعد من أكبر المواقع المعروفة في منطقة جازان، وقد أُرخ إلى أواخر الألف الثاني قبل الميلاد  .  إلا أن دراسة حديثة أُجريتْ رجحت أن الموقع يحتوي على طبقات تعود إلى فترة زمنية أقدم  .  وقد سجل فريق علمي يضم عددًا من المختصين في مجالات الآثار والجيولوجيا والمناخ القديم خلال دراسة ميدانية في المنطقة مئات المواقع الأثرية وبخاصة في جزر فرسان، وتمثلت هذه المواقع بأكوام القواقع التي تحمل في طياتها طبقات أثرية تعود إلى مراحل زمنية مختلفة. وقد لوحظ ارتباط أكوام القواقع بجزر فرسان بالمناطق الساحلية، واحتوت هذه الأكوام على عدد من أنواع القواقع التي تؤكد استغلال الجماعات البشرية لها واستفادتهم من المصادر الغذائية البحرية مثل: القواقع والأصداف، والأسماك بشكل رئيس.

 

وفي إحدى الدراسات العلمية  ،  تم تأريخ أحد الأكوام الصدفية بجزيرة فرسان الكبرى إلى نحو 6000 سنة مضت، علمًا أن العينة المؤرخة لم تكن من الطبقات السفلى كما تأكد وجود عدد من مواقع العصر الحجري الحديث في المنطقة، حيث تم تسجيل أحد المواقع إلى الجنوب من مدينة جيزان احتوى على مجموعة كبيرة من الأدوات الحجرية المتقنة الصنع والمصنوعة من الصوان والشيرت، واحتوى على رؤوس السهام والشظايا والأنصال والنوى والمطارق الحجرية.

 

وعلى الرغم من شح الدراسات العلمية التي تناولت منطقة جازان في الفترة التي تلت العصر الحجري الحديث، إلا أن المسوحات التي قامت بها وكالة الآثار والمتاحف قد أكدت وجود عدد من مواقع المنشآت الحجرية شمال شرق مدينة جيزان.

 

وتمثلت البقايا الأثرية المرتبطة بهذه المواقع بوجود مجموعات من الأدوات الحجرية التي يغلب عليها نوع الشظايا؛ إضافة إلى المثاقب، والأنصال، والأحجار المصقولة، والنوى الحجرية. كما عُثِرَ على مجموعات من الكسر الفخارية القديمة، ويشمل ذلك فخارًا أحمر ممزوجًا بالقش، وفخارًا أحمر عليه زخارف كالحبال المجدولة. ومن هذه المواقع: 217 - 110 / 111 / 112 / 115 / 116 / 117